Prodi Manajemen Pendidikan Islam adalah merupakan alih fungsi dari Program Studi Kependidikan Islam (KI) dengan izin penyelenggaraan tertanggal 3 Maret 1999 berlaku surut sejak tahun 1994. Dokumen resmi terakhir yang menunjukkan eksistensi Program Studi KI adalah SK Dirjen Kelembagaan Islam No.E/52/2002. Namun sebelumnya telah mendapat keputusan lain yang telah mengakui eksistensi Program Studi ini. Program Studi Kependidikan Islam di Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan IAIN Sultan Amai Gorontalo lahir dari embrio Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) yang masih berstatus Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin Makassar di Gorontalo. Berdasarkan Peraturan Menteri Agama (PMA) nomor 36 tahun 2009, sudah tidak ada nomenclature Jurusan KI langsung menjadi Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI). Prodi Manajemen Pendidikan Islam dengan akreditasi B saat ini dibawah kepemimpinan Dr. H. Abdurrahman R. Mala, M.Pd. selaku Ketua Prodi dan dibantu oleh Sekretaris Prodi H. Firman Sidik, M.Pd.I. Prodi ini menghasilkan tenaga manajerial kependidikan yang memiliki komitmen tinggi untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan pembelajaran dalam satuan pendidikan menyiapkan SDM yang memiliki standarisasi manajemen pendidikan sehingga berkualitas unggul dalam akselerasi pencerdasan kehidupan bangsa.